KBSでは、総合的経営管理能力の基本となる主要8領域を1年次に徹底的に学びます。そして、その方法は講義中心ではなく、ケースメソッドによります。それは、経営の原理原則だけに依存せず、そこからは予測できない要因も含めて自ら分析し合理的な意思決定を下す訓練をするためです。1学年100名を2クラス、12グループに分け、月曜日から金曜日まで週5日、朝9：00から16：30まで、毎日時間割に沿ってグループ討論やクラス討論に参加します。また学期毎に中間テスト、期末テストがあり、放課後は翌日のクラスに備えて予習が欠かせません。

慶應義塾の「半学半教」の伝統を最も色濃く受け継ぎ、2年次の学びの中核に位置づけられるのがゼミナールです。KBSのゼミナールでは、少人数による、密度の濃い議論を通じ、自ら問題を発見し最先端の理論や技法を駆使し問題解決を図る、といった形で修士論文の執筆が行われます。

MBA課程の後半には高度な専門科目を選択履修するほか、本研究科内のゼミナールから1つを選んで所属し、各専門分野で研究者として高く評価されている指導教員の助けを得ながら修士論文を完成させます。

各ゼミナールの定員は概ね4〜7名であり、マスプロ教育では得られない非常に濃い密度のインタラクションが可能です。少人数ゆえに、修士論文の内容をめぐる議論に加え、主に経営技法を扱う通常のクラスではなかなか掘り下げられない世界観や歴史観、あるいは人生観、さらには文化と教養などについても話し合う機会が珍しくありません。また、ゼミナールの先輩後輩のつながりも強く、在学中に限らず修了後も互いの成長の刺激となる貴重な人脈を形成することができます。